夏季最常见的食源性疾病是细菌性食源性疾病。引起细菌性食源性疾病的原因，往往是由于食品被病原微生物污染后，在适宜的温度、水分等条件下，微生物急剧、大量繁殖，比如食品在食用前不经加热和加热不彻底，或者熟食受到病原微生物污染后，并在较高室温下存放，生熟食品交叉污染，微生物大量繁殖，从而使食品含有大量的致病微生物。
导致细菌性食源性疾病的原因有两个方面。一方面是由于细菌在肠道内大量繁殖引起的急性感染，常见的细菌有沙门菌、大肠杆菌和变形杆菌。另一方面是细菌在食物中大量繁殖，释放出毒素，被人体的肠道吸收后引起中毒，常见的细菌有葡萄球菌、肉毒杆菌。高温处理这类被细菌污染的食物可杀死细菌，但不能消除毒素，人们食用后仍会中毒。沙门氏菌常见于肉类、蛋类，蜡样芽胞杆菌常见于剩米饭中，副溶血性弧菌常见于海鲜。
除了细菌性食源性疾病，还有化学性的、有毒动植物性的、真菌及毒素性的、病毒性的和寄生虫性的食源性疾病。化学性食源性疾病常年发生，常见致病因素是亚硝酸盐和有机磷农药。有毒植物性食源性疾病最常见的有发芽土豆中的龙葵素中毒，菜豆类的皂素、血清凝集素中毒，新鲜黄花菜的秋水仙碱中毒，川乌、草乌中的乌头碱中毒等。有毒动物性食源性疾病最常见的是河豚鱼的河豚毒素，真菌及毒素性食源性疾病最常见毒蘑菇中毒和霉变甘蔗中毒。病毒性的食源性疾病最常见的是诺如病毒引起的。寄生虫类食源性疾病常见于寄生于螺类体内的广州管圆线虫，寄生于猪、牛等体内的旋毛虫、猪带绦虫、牛带绦虫等。