供销合作社用地大多来源于上世纪五十年代至七十年代，由于时间久、机构人员变动大，有的单位用地文件及协议等材料丢失，难以向登记部门提供权属来源证明，影响了土地确权登记工作。

针对这一情况，《国务院关于加快供销合作社改革发展的若干意见》（国发 〔2009〕40号）明确规定：“要尊重历史，注重现实，根据实际使用情况，依照法律、法规和有关政策确定土地权属，加快供销合作社土地登记颁证工作。”这里的 “尊重历史”是指在对历史上得的土地进行确权时，必须用历史的态度对待既成事实，不能以今天的标准、法律制度对历史事件进行评判。“注重现实，根据实际使用情况”是指供销合作社用地取自于上世纪80年代之前，并且一直由供销合作社使用至今，在社会上已经形成了土地使用权归属于供销合作社的共识，出现土地权属资料不全、无法查证土地权属来源等情形时，要根据当前土地使用的具体情况进行确权，结束土地权属不确定带来的权利不确定状况，促进土地价值得到有效利用。

在土地确权过程中，供销合作社要通过向档案部门查询、走访当事人、知情人等形式，积极搜集土地权属资料。总社 《关于进一步贯彻落实供销合作社土地政策的意见》（供销法字〔2011〕15号）提出：“申请登记过程中，对土地权属没有争议，权属界线清晰，但不能提供有效权属资料或权属资料不全的，可在地籍调查基础上，进行实地公告。公告期满无异议的，经县级以上人民政府确定权属后，办理土地登记。”

一些地方也探索出了比较好的解决办法。如，《北京市国土资源局北京市人民政府国有资产监督管理委员会关于办理本市供销合作社土地确权登记手续的通知》（京国土籍〔2011〕43号）规定：“因用地历史较长、档案管理等原因造成有关权属资料遗失，致使无法提供土地权属来源证明材料的，由用地单位出具具结承诺书并经北京市供销合作总社确认，且该宗地四邻指界无争议、经公告无异议的，可确认共国有土地使用权。