目前，供销社系统仍有很多社有企业其注册形式为集体所有制企业，但从《中华人民共和国城镇集体所有制企业条例》（1992年01月01日起施行，2011年、2016年两次修订）的有关规定来看，供销社的集体所有制社有企业与该法规定的城镇集体所有企业还是有很大的不同，主要体现在以下两大方面。

第一、所有者主体不同。《城镇集体所有制企业条例》第四条规定：城镇集体所有制企业是财产属于劳动群众集体所有、实行共同劳动、在分配方式上以按劳分配为主体的社会主义经济组织。因此，这类企业十分特殊，集体企业职工与企业之间具有双重关系，一是所有权关系，二是劳动关系。其财产归本集体企业的劳动群众集体所有，或者，劳动群众集体所有的财产占企业全部财产的比例，一般情况下应不低于51%，否则不可称之为城镇集体所有制企业。而《中华全国供销合作总社章程》第三十五条规定：总社理事会是出资企事业单位社有资产的所有权代表和管理者。《贵州省促进供销合作社发展条例》第十二条也规定：供销合作社理事会是本级供销合作社及所属单位社有资产所有权的代表和管理者。所以，供销社集体所有制社有企业的财产不属于职工所有，不能量化到职工个人，更不能私分。

第二、权力运行机制不同。《城镇集体所有制企业条例》第八条、第九条规定：集体企业的职工是企业的主人。职工（代表）大会是集体企业的权力机构，由其选举和罢免企业管理人员，决定经营管理的重大问题。而供销社的理事会作为所属单位社有资产所有权的代表和管理者，与社有企业经营管理层之间是授权关系，即：供销合作社将社有资产授权、拨付、投入所属单位经营或者使用，按照供销合作社出资额，理事会依法享有所有者的资产收益、重大决策和选择管理者等权利。但集体所有制社有企业公司制改制、重大改革和重大决策，涉及到企业长远发展和职工切身利益，有必要召开职工大会或职工代表大会听取意见、共商发展。由于二者上述根本性的区别，《城镇集体所有制企业条例》第六十五条明确规定：“城镇中的文教、卫生、科研等集体所有制事业单位参照本条例执行。供销合作社的管理办法，另行制定。”

案例：某市供销合作社与其社有企业某贸易中心发生法律纠纷，一审法院认定该贸易中心是城镇集体所有制企业，从而依据《城镇集体所有制企业条例》，判定贸易中心职工对该中心的财产享有所有权，并且职工代表大会有权更换自己企业的负责人，该市供销合作社无权更改。最高人民法院审理后，终审判决认定该贸易中心是供销合作社的社有企业，该市供销合作社作为出资人享有该企业财产的收益权，并有权变更企业负责人。